Учреждение находится в ведении Федерального медико-биологического агентства (ФМБА России). Целью деятельности Центра является обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия работников организаций отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда и населения отдельных территорий в соответствии с перечнем обслуживаемых ФМБА России организаций и территорий.