Федеральный центр медицины катастроф функционирует на базе Пироговского Центра и является органом повседневного управления Всероссийской службы медицины катастроф и обеспечивает координацию взаимодействия органов управления, а также использования сил и средств ВСМК, разработку научно-методических принципов деятельности ВСМК, подготовку, повышение квалификации и аттестацию специалистов ВСМК.